Reverse strand

Data una sequenza di DNA, scrivere la sequenza complementare e' cosa banale, senza dubbio. Ogni biologo conosce il codice genetico e sa come fare...ma se la sequenza e' lunga lunga lunga farlo con carta e penna puo' essere un lavoretto lungo e noioso.
Ecco poche righe di codice python che ci semplificano la vita:


#!/usr/bin/python
import sys
plus_seq=sys.argv[1]
CODE={'A':'T','T':'A','C':'G','G':'C'} 
minus_seq=''
for c in plus_seq:
        minus_seq=minus_seq+CODE[c]
print minus_seq

Questo script va eseguito dal terminale dando come argomento la sequenza di DNA.

Il risultato dello script e' la sequenza complementare. Se la sequenza di input viene data in direzione 5'-3' allora la sequenza di output sara' 3'-5'.
Talvolta puo' essere utile ottenere la sequenza complementare in direzione 5'-3', in questo caso non dovete fare altro che aggiungere una sola riga di codice:

#!/usr/bin/python
import sys

plus_seq=sys.argv[1]

CODE={'A':'T','T':'A','C':'G','G':'C'} 

minus_seq=''
for c in plus_seq:
        minus_seq=minus_seq+CODE[c]

reverse_seq=minus_seq[::-1]
print reverse_seq

Piu' in generale la riga di codice in rosso permette di scrivere una qualsiasi stringa al contrario.
Provate questo esempio:


stringa1='acetone'

stringa2=stringa1[::-1]

print stringa2

Sulla variabile stringa2 sara' contenuta la parola 'enoteca'.